O Maltês apresenta, principalmente, dois problemas frequentes:
Alergias e problemas de pele, causadas por pulgas ou produtos de limpeza.
Sub-luxação da patela - má formação do osso do joelho que faz com que se desloque, causando dor e dificuldade temporária para andar. Esta é uma uma doença genética, comum em raças pequenas. Como o osso deslocado costuma voltar para o lugar espontaneamente em poucos minutos, são raros os casos que exigem cirurgia corretiva e não há outro tratamento.
Outra fonte de atenção deve ser dada à dentição dupla, quando os dentes de leite não caem quando os permanentes nascem. Neste caso, o mais recomendado é que os dentes de leite sejam arrancados, para não encavalarem com os outros. A raça também tem tendência ao tártaro, que pode evoluir para uma gengivite e causar a perda dos dentes.